Cromossomos
O núcleo de um fibroblasto de um rato, no qual o ADN está colocado do azul. Os distintos territórios cromossómicos, do cromossoma  (a vermelho) e do cromossoma  (a verde) são visíveis através de coloração hibridização fluorescente in situ.
Ver artigo principal: Cromossoma
O núcleo celular contém a maioria do material genético da célula, sob a forma de múltiplas moléculas lineares de ADN organizadas em estruturas denominadas cromossomos. Durante a maior parte do ciclo celular estão organizados num complexo ADN-proteína conhecido como cromatina, e durante a divisão celular a cromatina pode ser vista a formar os cromossomas bem definidos que são familiares de um cariótipo. Uma pequena fracção dos genes da célula está localizada na mitocôndria.
Existem dois tipos de cromatina. A eucromatina é a forma menos compacta de ADN, e contém genes que são frequentemente expressos pela célula. O outro tipo, a heterocromatina, é a forma mais compacta, e contém ADN que não é frequentemente transcrito. Esta estrutura é ainda mais categorizada em heterocromatina facultativa, consistindo de genes que estão organizados como heterocromatina apenas em certos tipos de célula ou em certos estágios de desenvolvimento, e a heterocromatina constitutiva, que consiste em componente cromossómicos estruturais como os telómeros e os centrómeros. Durante a interfase, a cromatina organiza-se em pequenos aglomerados individuais, denominados territórios cromossómicos. Os genes activos, que são normalmente encontrados na região da eucromatina, tendem a estar localizados nas fronteiras deste territórios cromossómicos.
Anticorpos associados com certos tipos de organização da cromatina, particularmente os nucleossomas, têm sido relacionados com um número de doenças autoimunes, tal como o lupus eritematoso sistémico. Estes são conhecidos como anticorpos antinucleares (AAN) e têm sido observados concertadamente com esclerose múltipla, como parte de uma disfunção geral do sistema imunitário.
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